一、业务范围不同
1、自理报关只从事与本企业有关的报关业务，企业的业务范围决定了企业报关员的报关业务范围。
2、代理报关只能代理该企业所承揽的货物的报关业务。
二、报关分类不同
1、自理报关：进出口货物的收发货人自行办理报关手续称为自理报关。自理报关单位必须具有对外贸易经营权和报关权。
2、代理报关：指接受进出口货物收发货人的委托代理其办理报关手续的行为。代理报关根据承担的法律责任不同又可以分为直接代理报关和间接代理报关。
三、报关部门不同
1、自理报关单位是经经贸管理部门批准，有进出口经营权的企业。
2、代理报关企业是具有有关部门批准的对外：贸易仓储运输、国际运输工具、国际运输工具服务及代理等业务经营权，兼营报关服务业务的企业。

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